ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদ নির্বাচনে বিপুল ভোটে নিরঙ্কুশ বিজয় পাওয়ার পর সরকার গঠন করেছে বিএনপি। শপথ গ্রহণের মধ্য দিয়ে গঠন করা হয়েছে মন্ত্রিপরিষদও। এতে দায়িত্ব পেয়েছেন জাতীয়তাবাদী দলটির জ্যেষ্ঠ ও ত্যাগী নেতারা।এর বাইরেও কয়েকজন বড় দায়িত্ব পেয়েছেন।তাদের মধ্যে অন্যতম বিশিষ্ট কূটনীতিক ও অর্থনীতিবিদ ড. খলিলুর রহমান।
তিনি ড. মুহাম্মদ ইউনূস নেতৃত্বাধীন অন্তর্বর্তীকালীন সরকারের জাতীয় নিরাপত্তা উপদেষ্টার দায়িত্ব পালন করেন। নির্বাচিত সরকার গঠনের পর বিলুপ্ত হয়ে গেছে সেই সরকার।তবে সেখান থেকে বিএনপি সরকারে জায়গা পেয়েছেন ড. খলিলুর রহমান। তাকে তারেক রহমানের মন্ত্রিসভায় টেকনোক্র্যাট কোটায় অন্তর্ভুক্ত করা হয়।আজ মঙ্গলবার (১৭ ফেব্রুয়ারি) মন্ত্রী হিসেবে তিনিও শপথ নিয়েছেন।
১৯৭৯ সালে সিভিল সার্ভিসে যোগদানের মাধ্যমে কর্মজীবনে প্রবেশ করেন ড. খলিলুর রহমান। শুরুতে দক্ষিণ এশিয়া বিভাগ ও পররাষ্ট্রমন্ত্রীর ব্যক্তিগত সচিব হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন তিনি। ১৯৮৫ সালে তিনি জাতিসংঘে বাংলাদেশের স্থায়ী মিশনে যোগ দেন। সেখানে তিনি জাতিসংঘ সাধারণ পরিষদের অর্থনৈতিক ও আর্থিক কমিটিতে বাংলাদেশের প্রতিনিধিত্ব করেন এবং স্বল্পোন্নত দেশগুলোর (এলডিসি) মুখপাত্র হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। 
ড. খলিলুর রহমান ১৯৯১ সালে জাতিসংঘের বাণিজ্য ও উন্নয়ন সম্মেলনে (আঙ্কটাড) বিশেষ উপদেষ্টা হিসেবে যোগ দেন। এরপর তিনি নিউইয়র্ক ও জেনেভায় জাতিসংঘের বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ পদে কর্মরত ছিলেন।
জাতিসংঘের বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ প্রতিবেদন এবং ফ্ল্যাগশিপ প্রকাশনার প্রধান রচয়িতা ছিলেন ড. খলিলুর রহমান। তিনি ২০০১ সালে ব্রাসেলস সম্মেলনে স্বল্পোন্নত দেশগুলোর কর্মসূচি পরিকল্পনার খসড়া তৈরিতে নেতৃত্ব দেন। ড. খলিলুর রহমান ইস্টওয়েস্ট বিশ্ববিদ্যালয়ের অন্যতম প্রতিষ্ঠাতা এবং বর্তমানে ট্রাস্টি বোর্ডের সদস্য। এছাড়া তিনি ২০০১ সালে তত্ত্বাবধায়ক সরকারের প্রধান উপদেষ্টা বিচারপতি লতিফুর রহমানের একান্ত সচিব হিসেবেও দায়িত্ব পালন করেন।
ড. খলিলুর রহমান রোহিঙ্গা সমস্যা ও অগ্রাধিকারপ্রাপ্ত বিষয়াবলির জন্য প্রধান উপদেষ্টা ড. ইউনূসের হাইরিপ্রেজেনটেটিভ হিসেবে নিয়োগপ্রাপ্ত হন। এই দায়িত্ব পালনের সময় তিনি উপদেষ্টার মর্যাদা এবং সংশ্লিষ্ট সুযোগ-সুবিধা ভোগ করেন।পরে তাকে একই সঙ্গে জাতীয় নিরাপত্তা উপদেষ্টার পদেও নিয়োগ দেওয়া হয়।